월간조선이 시작한 '최장집 사상 논란'이 진보적 언론의 비판에 부닥치자 조선일보는 10월 26일자 5면에 <최장집 건국사관 규명해야>라는 사설을 내보냈다.
조선일보, <사설/최장집 건국사관 규명해야>(1998.10.26)
이 사설에 대해 민주언론운동시민연합은 다음과 같은 반론을 낸 바 있다.
(...) 최 교수가 학자로만 남아 있다면 그의 논문은 문제 삼을 수 없고 공인이기 때문에 문제라는 것이다. 그러나 조선일보가 문제 삼는 논문은 바로 최 교수가 학자로만 있을 당시 작성된 것이다. 따라서 조선일보식대로라면 연구자일 당시 그가 쓴 논문을 어느 날 그가 공인이 되었다고 해서 고치기라도 해야 된다는 말인지 되묻지 않을 수 없다. 최 교수는 학자로서 논문을 썼을 뿐이고 그런 그가 공직에 임명됐을 뿐이다.
만일 조선일보가 최 교수의 사상이 문제라고 판단한다면 그를 대통령 정책기획위원장에 임명한 현 정부에 대한 비판에 무게가 실리는 게 논리적으로는 오히려 타당하다. 그러나 월간조선 11월호에는 "북한의 남침을 '민족해방전쟁'으로 규정하고, 대한민국의 정통성을 부인했던 공산세력의 움직임을 민중항쟁으로 보는 그의 시각은 김대중 대통령의 역사관과도 정면 배치된다"고 하여 최 교수와 김 대통령을 차별화했다. 따라서 조선일보가 주장하는 공인 사상 검증의 자유는 결국 '진보인사 죽이기'를 합리화하기 위한 변명에 불과하다. <되살아난 매카시즘 망령>, (98년 모니터 보고서), 99~100쪽)