조선일보는 10월 23일자 4면의 ‘국감 현장’스케치기사<대북정책 졸속 일관성 없다>에서 민주당 의원 이부영과 정대철의 질의 사항을 다루면서 ‘훈룡 조작’대목은 쏙 빼고 “통일원이 통일정책을 주도하는 게 마땅하나 지금까지 안기부의 지나친 개입으로 총괄·조정 기능을 제대로 발휘 못해왔다”고 지적한 부분과 이동복의 대변인 자격 문제를 지적한 부분만 강조했다.
조선일보는 10월 25일자 사설<통일 업적주의의 주름살>을 통해 그 ‘국기 문란 사건’을 다루기는 했으나 시각이 기묘했다. 그것을 단순히 “대북 정책 사의 부처 간 갈등(?)문제”라고 보면서 “이 문제를 대함에 있어 두 가지 차원에서 그것을 논할 수 있다고 생각한다”고 주장했다.
첫째는 이 대표가 훈령을 전달하지 않았거나 못했을 경우 그것이 국가 공무원의 복종 의무에 맞는 행위냐의 여부에 관한 논란인데, 순전히 복무규정 상으로만 말한다면 이 대표의 입장은 어려워질 수밖에 없을 것이다. 그러나 우리는 또 한 가지 더 중요한 차원이 있다고 생각한다.