결국 민정이양 약속을 뒤집은 박정희는 1963년 10월 대통령 선거에서 윤보선 후보를 겨우 15만 여표로 따돌리고 대통령에 당선됐다. '민정이양 번의' 논란 때마다 박정희를 지지했던 조선일보는 역시 당선을 반기며 축하를 표했다.
...간신히 이겼다는 것은 그만큼 강력한 민의의 반발이 있었다고 볼 수 있는 것이므로 결코 이에 외면해서는 안 될 일이다. 물론 무엇보다도 우리 국민의 민주의식이 두 차례의 혁명을 치른 결과 놀랄 만큼 높아졌다는 것과 둘째로는 혁명정부가 최초 확언한 그대로 공명선거를 보장한 그 훌륭한 태도를 여기서 재확인하게 된 것은 더 할 수 없이 기쁜 일이다.
조선일보는 박정희를 택하지 않은 표가 많았음을 의식하면서 여론을 '참으로 미묘한' 것으로 묘사했는데 이는 5.16쿠데타 이후 처음으로 박정희 군사정권에 일정 정도 지적을 가한 것이다. 이 외에도 조선일보는 "군사혁명이라는 비상수단에 의해 헌정을 중단시키고 3권을 한 손에 장악한 강대무비한 권력자" 등 '반군정' 여론을 의식한 듯 한 표현을 썼다.