동아일보는 공정거래위원회가 밝힌 언론사 부당 내부거래 실태과징금 부과 내용에 대해 '관행'과 '느낌'을 바탕으로 강하게 이의를 제기했다. 김대중 정권이나 그 이전의 정권 시기에 공정위가 30대 그룹과 공기업 이외의 어떤 기업에 대해서도 직권조사를 한 적이 없다는 '관행'에 기대어 "금번 조사의 순수성에 의문을 갖지 않을 수 없다"고 주장한 것이다.
공정위가 밝힌 조사 결과대로 동아일보가 거액의 과징금을 부과받을 정도의 위법행위를 저지르지 않았다면 법적 대응을 먼저 해야 마땅하다. 그렇게 해서 사법부의 판결을 받은 다음에 공정위 조사가 '불순'한 것으로 드러나면 정권이 국가기구를 언론 탄압에 동원했다고 단정할 수 있을 것이다.
조사의 기준과 방식, 그리고 발표내용이 지금까지의 관례에 비춰 현저하게 형평성을 잃고 있다면 당연히 언론사뿐 아니라 그 독자들까지 정부의 저의를 의심하지 않을 수 없게 된다. (중략) 과거 관례대로라면 이번 공정위의 조사와 관련된 정부의 진정한 의도와 배경도 정부의 주체가 달라질 때 자연스럽게 흘러나올 것이다. 지켜볼 일이다.